熊掌炖鱼-10x单细胞转录组与空间转录组联合归纳

10x Visium自由空间表观可以标上造出各有不同表观的自由空间信息。迄今为止的Visium芯片上在6.5mm×6.5mm的辖区上分布着5000个点，每个Spot常会遮盖多个细胞核（一般为1~10个）。同样的样本执行为细胞核悬液进行单细胞核转录小组测序可以得到单细胞核分辨率水平的表观信息，代价是却没有办法得到细胞核的自由空间信息。这就好像鱼和熊掌，让人不能选材。

10x Genomics贴心的为历史学者之外了一些量化工具箱，可以将单细胞核和自由空间的两种样本进行联合量化。

以下是10x官网整理造出应用于联合量化的工具箱和算法

Spacexr/Robust cell-type decomposition (RCTD)

必是线性工具，使用基于参照的概率模型从混合成了各有不同细胞核种类的单个Spot解各有不同的细胞核种类，通过最大似然据估计推断细胞核种类数目，并将其类比到细胞核种类的自由空间世界地图上。

刊载典籍: Cable, Dylan M., et al. Robust decomposition of cell type mixtures in spatial transcriptomics. Nature Biotechnology (2021) 工具箱: spacexr 引论: Applying CSIDE to Spatial Transcriptomics Data: Multiple regions in Visium with full mode RCTD Seurat label transfer

可应用于将各有不同样本集“锚定”在四人的算子工具，之外各有不同种类的单细胞核样本（转录小组、表观原核生物和蛋白质小组）以及单细胞核和自由空间样本。

刊载典籍: Stuart, Tim, et al. Comprehensive Integration of Single-Cell Data. Cell (2019) 工具箱: Seurat 引论: Analysis, visualization, and integration of spatial datasets with Seurat Cell2location

必是线性工具，可以“结合有关该小组织的先验信息来据估计理论上细胞核种类丰度”，作为构造性先验。

刊载典籍: Kleshchevnikov, Vitalii, et al. Cell2location maps fine-grained cell types in spatial transcriptomics. Nat Biotechnol (2022) 工具箱: Cell2location 引论: Mapping human lymph node cell types to 10X Visium Tangram

并用显卡硬件（GPU）并能行驶的算子工具。

刊载典籍: Biancalani, Tommaso, et al. Deep learning and alignment of spatially resolved single-cell transcriptomes with Tangram. Nat Methods (2021) 工具箱: squidpy 引论: Cell-type deconvolution using Tangram SPOTlight

使用种子非负算子分解（NMF）回归的必是线性工具。

刊载典籍: Elosua-Bayes, Marc, et al. SPOTlight: seeded NMF regression to deconvolute spatial transcriptomics spots with single-cell transcriptomes. Nucleic Acids Research (2021) 工具箱: SPOTlight 引论: SPOTlight vignette 更多资讯恳请关注“仁科生物”公众号 上海仁科生物科技有限公司，是咖啡店大学本科生物科学及医学行业仪器催化剂代理销售和开发生产的公司，代理众多国外家电。之外医疗，生命生物科学，工业等行业的大学本科量化产品；为高校、医疗、科研机构以及制药企业之外生物科学的物理解决方案和技术服务。

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